๒๕๔๐ - ๒๕๔๕

เมื่อครบการฝึกตนเป็นพระนวกะ ๕ พรรษาแล้ว พระอาจารย์ชยสาโรได้ออกธุดงค์และปลีกวิเวกจนถึงช่วงเข้าพรรษาปี ๒๕๒๙ ท่านจึงเดินทางกลับจังหวัดอุบลราชธานี หลังจากนั้นท่านอยู่ที่วัดป่านานาชาติเป็นส่วนใหญ่โดยรับหน้าที่เป็นรองเจ้าอาวาส ตลอดระยะเวลาหลายปีหลังจากนั้น ท่านได้สลับหมุนเวียนระหว่างช่วงเวลาในการปลีกวิเวกและการปฏิบัติหน้าที่ตามตำแหน่งในคณะสงฆ์ ระหว่างนี้ท่านได้รับความไว้วางใจจากคณะสงฆ์อาวุโสในการเขียนเรียบเรียงชีวประวัติของหลวงพ่อชา ซึ่งท่านตั้งชื่อผลงานชิ้นนี้ว่า ‘อุปลมณี’ ในปี ๒๕๔๐ ท่านได้รับหน้าที่เป็นเจ้าอาวาสวัดป่านานาชาติจนถึงสิ้นปี ๒๕๔๕

๒๕๔๖ - ปัจจุบัน

ตั้งแต่ต้นปี ๒๕๔๖ พระอาจารย์ชยสาโรได้ปลีกวิเวกมาพำนักอยู่ที่อาศรมชนะมาร อำเภอปากช่อง จังหวัดนครราชสีมา และพร้อมไปกับการมุ่งต่อกิจส่วนตัวของท่าน พระอาจารย์ยังนำปฏิบัติธรรมให้ญาติโยมเป็นระยะๆ ที่สถานที่ปฏิบัติธรรมบ้านบุญ รวมถึงมีบทบาทในการนำหลักการพัฒนาชีวิตวิถีพุทธเข้าสู่ระบบการศึกษา

๒๕๕๔ - ๒๕๖๓

พระอาจารย์ชยสาโรได้เขียนหนังสือธรรมะทั้งภาษาไทยและภาษาอังกฤษไว้มากมาย โดยจำนวนหนึ่งมีการนำไปแปลเป็นภาษาอื่นๆ งานเขียนภาษาอังกฤษชิ้นล่าสุดของท่าน คือ ‘Stillness Flowing’ เป็นงานชิ้นสำคัญซึ่งบันทึกชีวประวัติและคำสอนของหลวงพ่อชาโดยละเอียด

ในปี ๒๕๕๔ พระอาจารย์ชยสาโรได้รับมอบปริญญาเอกกิตติมศักดิ์ในสาขาวิชาธรรมนิเทศจากมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และในปี ๒๕๖๒ ท่านได้รับพระราชทานแต่งตั้งสมณศักดิ์เป็น พระราชพัชรมานิต จากพระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว ต่อมาในปี ๒๕๖๓ ท่านได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์เป็น พระเทพพัชรญาณมุนี และได้รับพระราชทานสัญชาติไทย ทั้งนี้ สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (ป. อ. ปยุตโต) ได้เมตตาตั้งนามสกุลภาษาไทยให้ว่า 'โพธานุวัตน์' และในปี ๒๕๖๔ ได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์เป็น พระธรรมพัชรญาณมุนี

พระอาจารย์ชยสาโรได้เมตตาอนุญาตให้คณะลูกศิษย์จัดทำและดูแลเว็บไซต์นี้ในนามมูลนิธิปัญญาประทีป เพื่อเป็นอีกช่องทางในการแบ่งปันคำสอนเป็นธรรมทาน และนำเสนอสื่อธรรมะอิเล็กทรอนิกส์ที่มูลนิธิปัญญาประทีปและคณะลูกศิษย์ร่วมกันจัดทำขึ้น เนื้อหาทั้งหมดสามารถดาวน์โหลดเพื่อศึกษาเรียนรู้เป็นการส่วนตัวได้โดยไม่มีค่าใช้จ่าย หากหน่วยงานใดต้องการเผยแผ่สื่อธรรมะภายในเว็บไซต์นี้ ต้องได้รับอนุญาตเป็นลายลักษณ์อักษรจากมูลนิธิปัญญาประทีป

มูลนิธิปัญญาประทีป จัดตั้งโดยคณะผู้บริหารโรงเรียนทอสี ด้วยความร่วมมือจากคณะครู ผู้ปกครอง และญาติโยมซึ่งเป็นลูกศิษย์พระอาจารย์ชยสาโร กระทรวงมหาดไทยอนุญาตให้จดทะเบียนเป็นนิติบุคคลอย่างเป็นทางการ เลขที่ทะเบียน กท.๑๔๐๕ ตั้งแต่วันที่ ๑ เมษายน ๒๕๕๑ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อ:
๑. สนับสนุนการพัฒนาสถาบันการศึกษาพุทธปัญญาที่มีระบบไตรสิกขาของพระพุทธศาสนาเป็นหลัก
๒. เผยแผ่หลักธรรมคำสอนผ่านการจัดการฝึกอบรมและปฏิบัติธรรม และเผยแผ่สื่อธรรมะรูปแบบต่างๆ เป็นธรรมทาน
๓. เพิ่มพูนความเข้าใจในเรื่องความสัมพันธ์ระหว่างมนุษย์และสิ่งแวดล้อม สนับสนุนการพัฒนาที่ยั่งยืน และส่งเสริมการดำเนินชีวิตตามหลักปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง
๔. ร่วมมือกับองค์กรการกุศลอื่นๆ เพื่อดำเนินกิจการที่เป็นสาธารณประโยชน์

พระอาจารย์ชยสาโรเป็นองค์ประธานที่ปรึกษาของมูลนิธิปัญญาประทีป โดยมีคณะที่ปรึกษาเป็นผู้ทรงคุณวุฒิในสาขาต่าง ๆ อาทิ ด้านนิเวศวิทยา พลังงานทดแทน สิ่งแวดล้อม เกษตรอินทรีย์ เทคโนโลยีสารสนเทศ วิทยาศาสตร์สุขภาพ การเงิน กฏหมาย การสื่อสาร การละคร ดนตรี วัฒนธรรม ศิลปกรรม ภูมิปัญญาท้องถิ่น มูลนิธิฯ ได้รับเกียรติจาก รองศาสตราจารย์นายแพทย์ปรีดา ทัศนประดิษฐ์ เป็นประธานคณะกรรมการบริหาร และมีคุณบุบผาสวัสดิ์ รัชชตาตะนันท์ ผู้อำนวยการโรงเรียนทอสี เป็นเลขาธิการฯ

ในส่วนการดำเนินการ มูลนิธิปัญญาประทีปเป็นผู้จัดตั้งโรงเรียนมัธยมปัญญาประทีปในรูปแบบโรงเรียนบ่มเพาะชีวิต เพื่อดำเนินกิจกรรมต่าง ๆ ด้านการศึกษาพุทธปัญญาให้บรรลุวัตถุประสงค์ของมูลนิธิปัญญาประทีปข้างต้น โรงเรียนตั้งอยู่ที่บ้านหนองน้อย อำเภอปากช่อง จังหวัดนครราชสีมา และมูลนิธิปัญญาประทีปได้ร่วมมือกับโรงเรียนทอสีในการผลิตและเผยแผ่สื่อธรรมะแจกเป็นธรรมทาน โดยในส่วนของโรงเรียนทอสีได้ดำเนินการต่อเนื่องตั้งแต่ปี ๒๕๔๕ เป็นต้นมา